組織說明：

      處長之下置副處長 1人，襄助處長處理處務，主任工程師 1人，承處長之命處理工程技術事宜；專門委員1人，承處長之命處理交辦事項；並設工務、管理、財務、總務等 4組，各置組長 1人及人力資源、主計、輔導、資訊等 4室，各置主任 1人，承處長之命與副處長之指導推行各項業務。

為推展營運與管理，另設置5個(新竹、竹北、芎林、竹東、新埔)等灌溉工作站，負責執行灌溉管理及設施維護等業務。

職掌

處長：

• 依法令綜理處務。
• 指揮監督所屬員工及事業機構。
• 執行主管機關交辦或委辦事項。

副處長：

• 襄助處長處理處務。
• 綜核文稿及重要業務之擬辦。
• 有關業務之聯繫與協調及重要交辦案件之核擬。
• 業務考核與改進事項。
• 綜理協調跨組室之事項。
• 處長交辦事項。

主任工程師：

• 協助處長處理工程及管理方面技術性業務。
• 水源運用及灌溉管理之督導及研究事項。
• 工程之規劃、設計及營運之督導事項。
• 審核工程計畫、設計、工程施工品質、進度之考核及督導事項。
• 工程經費之編擬及工程招標、開標之督導事項。
• 水源開發及農田水利事業效益之研究發展事項。
• 處長交辦事項。

專門委員:

• 首長交辦事項。

工務組：

• 辦理水利工程之興辦、改善、復舊、水利設施維護，災害搶修及工程之規劃、測量、設計、招標、考工、工事、驗收等事項。

管理組：

• 分灌溉及督導股等 2 股，辦理水資源開發、調配、營運、水質監測及檢驗、灌溉地管理及水利設施維護、災害 搶修、基層水利小組業務與抽水機維護管理及辦理旱作灌溉推廣等事項。

財務組：

• 辦理農田水利事業作業基金非設施使用資產活化、收益等費用收 取 與房地產管理、處分及年度財務計畫、調度等事項。

總務組：

• 分文書及事務股等 2 股，股，辦理文書 、出納、事務管理、印信典守、農田水利事務諮議會委員會議事等事項；與辦公處所、車輛、普通工友、動產管理；及票據、有價證劵、保管品等收付、保管等事項。

人力資源室：

• 辦理員工任免、待遇、福利、升遷、考核、獎懲、勤惰、訓練、退休、撫卹等事項。

主計室：

• 辦理編製年度預、決算，審核會計憑證，會計簿籍登記、使用與保管，報表及統計資料彙編陳報。

輔導室：

• 辦理人民陳情案件管考、便民措施及政風業務等事項。

資訊室：

• 辦理資訊系統之設計、資料管理等事項。

工作站：設新竹、竹北、竹東、芎林及新埔站等5工作站。

• 小給水門、小排水門以上灌溉排水設施之維護、管理、歲修、改善、水利妨害之取締及防汛之搶險。
• 小給水門、小排水門以上引水、輸水、分水之管理及調節。
• 水利小組工作之指揮考核。
• 水利糾紛之調解處理。
• 水利政令及灌溉制度之推行。
• 灌溉水質之監視處理。
• 灌溉計畫之擬訂及執行。
• 灌溉排水面積及地籍資料之調查。
• 灌溉管理組織會辦事項。